Der Eistobel entstand vor rund 15.000 Jahren, als sich gegen Ende der letzten Eiszeit im Talkessel von Ebratshofen ein Schmelzwassersee bildete. Eine Abflußrinne dieses See war der Ursprung der heutigen Schlucht. Im Laufe der Jahrtausenden vertiefte sie sich immer mehr. Ausführlich erklärt werden diese geologischen Zusammenhänge auf der großen Schautafel des Bayerischen Umweltministeriums.

Der Eistobel zählt offiziell zu den schönsten Geotopen Bayerns!